NetApp ONTAP er softwaren bag NetApp FAS, AFF-A og AFF-C serierne. ONTAP tilbyder en lang række avancerede funktioner, herunder backup, Snapshots, data deduplikering og komprimering. ONTAP kan levere data over flere protokoller, herunder NFS, CIFS og iSCSI. ONTAP systemer kan kører både med Block, File og Object Storage.
ONTAP fås også i en ASA variant som findes på ASA serien af NetApp systemer, her er en lang række protokoller og funktioner slået fra så hvis man blot har behov for Block storage men ønsker endnu mere performance så er ASA en god løsning.
NetApp SnapCenter er en del af Ontap, det bruges til styring af backup og gendannelse på NetApp systemer. SnapCenter understøtter en række populære databaser og operativsystemer, herunder Oracle, Microsoft SQL Server, og VMware vSphere. Det sikrer desuden, at backup foretages løbende så data kan gendannes til et bestemt tidspunkt, hvilket kan være nyttigt i tilfælde af datatab eller -korruption.